SEER 数据库(网站:https://seer.cancer.gov/)是国家癌症研究所和人口科学部于1973 年启动的一个项目,旨在监测流行病学和生存结果。
该数据库记录了九种主要癌症类型的信息:乳腺肿瘤、结肠和直肠肿瘤、其他消化系统肿瘤、女性生殖系统肿瘤、淋巴系统肿瘤和血液系统肿瘤、男性生殖肿瘤、呼吸系统肿瘤和泌尿系统肿瘤。以及其他尚未识别的类型。
近年来通过SEER数据库挖掘数据发表的文章数量剧增:篇
(PubMed 在SEER 数据库中搜索出版物卷)
(知网检索状况、SEER数据库发表量)
我们通过PubMed和CNKI在SEER数据库中检索了相关文章(见下图),
我发现使用SEER数据库发表论文有一定的规则要遵循。
(PubMed 在SEER 数据库中搜索相关文章)
(万方在SEER数据库中检索相关文章)
使用SEER数据库发表论文的第一步是学习如何下载数据。
今天我们就和大家一起学习一下SEER数据库下载数据的全过程。
NO.1 账户申请(以个人邮箱为例)
(1)进入SEER网站,页面如下,点击SEER数据软件,如何请求评估SEER数据,继续请求表格。
(2)在个人邮箱中填写您自己的邮箱地址,进入如下界面,填写相应信息后点击提交。
注意这里的缩写是自动生成的,需要把右边滚动条拉到最下面才可以填写(注意可以重新输入原来自动生成的名字)。
(3) 提交后,您将收到以下电子邮件:
打开邮件中的链接,继续填写信息:
最后点击请求下载。
之后,您将收到三封电子邮件,其中包含登录用户名、登录密码和SEER Stat 软件下载链接。
软件图标如下图所示。
NO.2 资料下载
(1)下载软件后,打开软件,点击菜单栏上的Profile,找到并点击Client-Server Login进行登录。
进入登录页面并填写您的用户名和密码:
(2) 单击表格图标,软件开始加载数据。
加载数据后的窗口如下图:
每一行都是一个数据集。选择所需的数据集(下图中蓝色表示已选中)。考虑到数据量,一般采用1975年至2019年的数据,然后对数据进行筛选。
(3) 筛选数据时,第一步单击“选择”,第二步单击“编辑”。
来到如下界面。 is=to 是平等条件,is=not to 是不平等条件。例如:如下图所示,选择年龄为15-19岁且非男性的患者。
您也可以点击“查找”,弹出查询窗口,在搜索文本栏中填写所选字段,然后根据需要选择相应的条件。单击“确定”后,条件将与之前选择的条件合并。
选择条件后,可以复制所有过滤条件(如图)。单击“清除”可清除所选条件。
(4) 单击“表格”选项卡,进入“表格”窗口。然后在变量(标记2)处,选择所需的变量,单击“列”(标记3),并将其添加到下载列表(标记4)。
另外,up和down是变量排序,Del是删除变量,Both是表排序。
(5)数据输出。
提示:如果表中没有数据,可能是过滤条件过多,所以选择列中尽量不要包含过多的条件。
或者通过单击“矩阵”导出文件。
注:常用变量包括年龄、性别、婚姻状况、肿瘤ICD-O-3代码、肿瘤大小、T/N/M分期、治疗信息(化疗、手术、放疗等)、生存时间和状态等。
上面的编辑器向您展示了如何从SEER 数据库中获取您想要的数据。
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用户评论
这文章太实用了!之前下载SEER数据库一直是个头疼的问题,现在有了详细的步骤,真是太方便了。
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谢谢分享,我已经成功下载了一份数据,接下来要好好研究研究了。
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方法看起来挺复杂的,不过我试试看,希望能顺利。
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这个方法详细到让我有点晕,能不能简化一下步骤呢?
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终于找到了一篇详细的方法,之前下载SEER数据总是失败,希望这次能成功。
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文章写得太棒了,不仅步骤详细,还配有图片,一看就懂。
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我已经尝试下载了,不过感觉有点慢,不知道是不是网络原因。
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这方法不错,但是没有提到如何处理下载后的数据,能补充一下吗?
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太感谢了!按照步骤一步一步来,终于下载成功了。
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方法很详细,不过我有点担心数据的安全性,有保障吗?
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下载成功,不过我发现数据格式有点乱,不知道怎么处理。
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这个方法对我来说太有帮助了,之前下载SEER数据浪费了我很多时间。
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文章写得很好,但是我觉得对于新手来说可能有点难度,能否提供一些入门指导?
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文章太棒了,不过我有一个问题,下载的数据如何导入到分析软件呢?
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这方法不错,但是我发现有些步骤需要特定的软件,我这边没有,怎么办?
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感谢分享,我已经成功下载了SEER数据,但是分析起来还是有点困难,有没有好用的分析工具推荐?
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文章写得很详细,不过我有点担心数据版权问题,使用这些数据需要遵守什么规定吗?
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下载过程挺顺利的,不过我发现有些数据缺失了,这是正常的吗?
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方法详细到让我有点惊叹,不过我觉得对于非专业人士来说可能还是有点难,希望能有更简单的教程。
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